STR/SSR/微卫星分析 __51生物

微卫星标记（Microsatellite）也称为短串联重复序列（STR）或简单重复序列（SSR），是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增，扩增产物通过电泳分析并根据大小分离等位基因进行检测。PCR扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，传统采用聚丙烯酰胺电泳加放射显影或银染的方法，费时费力效率低。我们利用ABI遗传分析仪对荧光标记DNA片段进行检测，加上分子量内标进行DNA片段长度计算，使STR分型变得高效快捷，结果也更加精确。

基于测序仪平台，我公司同时提供GeneScan、全基因组扫描、微卫星不稳定性分析、DNA建库和骨髓移植嵌合率检测等服务和其他STR基因分型服务。

服务项目：

1. 引物筛选

选取部分代表性样本，利用普通引物扩增这些样本，然后利用高分辨率的芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息。

2. 样本批量扩增

用带有荧光标记（FAM/HEX/TMR等）的引物，对批量样本进行PCR扩增。

3. 测序仪检测

带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标、去离子甲酰胺混合，用3730等测序仪进行毛细管电泳，并得到原始数据（fsa文件）。

4. 数据分析

编制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper软件分析测序仪得到的fsa文件，并生成PDF图谱和Excel文档（包含size、基因分型等信息）。

5. 数据挖掘

利用生物信息学软件（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）对上述数据进行进一步分析，绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。

服务流程：

引物合成（普通引物和荧光引物）

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样品DNA提取

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DNA定量

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PCR预实验

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批量PCR扩增

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毛细管电泳预检测(ABI3730xlGeneticAnalyzer)

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稀释后批量进行毛细管电泳检测

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GeneMapperV3.2软件分析得到原始数据（fsa文件）

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生成PDF图谱和Excel文档并进一步处理

检测平台：

岛津MultiNA芯片电泳仪、ABI377测序仪、ABI3130测序仪、ABI3730测序仪。

客户提供：

细胞、DNA、动植物各种组织材料、人类各种组织材料，引物信息，片段长度范围。

公司提供：

引物、微卫星分析的原始数据以及GeneMapper生成的PDF图谱、包含片段长度等信息的Excel文档和进一步的分析结果等。